Qsub Submit Binary Options

Envío de binarios en Grid Engine 6 Grid Engine 6 admite la presentación directa de binarios a través de qsub y qrsh a través del nuevo argumento - b yn. El comportamiento predeterminado asume - b n. Use - b y para invocar directamente un ejecutable binario. Workgroupcluster: www qrsh - b y / usr / bin / uptime 7:49 hasta 107 días, 35 minutos, 0 usuarios, promedio de carga: 0.12 0.03 0.01 workgroupcluster: El comando qsub (1) no puede utilizarse para enviar directamente archivos binarios como trabajos. Aunque uno podría escribir una escritura pequeña del envoltorio alrededor de los binarios para someterlos, hay dos técnicas convenientes para someter binarios como trabajos muy simplemente sin implicar una escritura separada. Escriba el comando qsub, junto con cualquier banderas y opciones deseadas, luego presione return sin especificar un script de trabajo. A continuación, verá un indicador de shell secundario. En este indicador, puede escribir el nombre del binario. A continuación, puede pulsar volver y continuar para introducir más comandos binarios o de shell. Cuando haya terminado de especificar su trabajo, presione Control-D. Qsub - l archsolaris64 sleep 60 ltctrl-Dgt su trabajo 47427 (quotSTDINquot) ha sido enviado Escriba el comando qsub, junto con cualquier banderas y opciones deseadas, luego use la construcción de redireccionamiento STDIN ltlt ltMARKERgt. Escriba una o más líneas que contengan cualquier combinación de binarios y comandos de shell en el indicador secundario como se indica más arriba. A continuación, en una línea por sí mismo, escriba ltMARKERgt y pulse return. Las dos técnicas anteriores se aprovechan del hecho de que qsub utiliza el flujo de STDIN como script de trabajo si no especifica un archivo de script como argumento. Para integrar sin problemas ciertas aplicaciones en su entorno con un clúster de Grid Engine, puede ser necesario escribir un script de contenedor personalizado que realice algún trabajo de configuración antes de ejecutar un trabajo. La segunda técnica de arriba se puede incrustar en estas secuencias de comandos de envoltura. Ejemplo: cree un contenedor para enviar un trabajo de batch binario desde un SunRay a una granja de servidores de fondo. Para ello, es necesario modificar la variable LDPRELOAD para eliminar la entrada específica de SunRay. Un genérico binario envíe la secuencia de comandos del envoltorio quotqbsubquot se puede encontrar en este enlace. Se puede utilizar como una versión quotbinary de qsub. La secuencia de comandos de envoltura permite al remitente utilizar los indicadores de presentación estándar y también cuenta los indicadores especificados en el archivo qtask (que es utilizado por qtcsh cuando se envían transparentemente binarios al sistema). Un ejemplo de uso de este script es: Esto ejecuta el binario netscape mientras mantiene explícitamente la variable de entorno DISPLAY. NOTA: por supuesto, debe asegurarse de que el binario coincide con la arquitectura en la que se ejecutará. Puede especificar esto, por ejemplo, haciendo: Enviar binarios en Grid Engine 6.x Grid Engine 6 admite la sumisión directa de binarios a través de qsub y qrsh a través del nuevo argumento - b yn. El comportamiento predeterminado asume - b n. Use - b y para invocar directamente un ejecutable binario. Workgroupcluster: www qrsh - b y / usr / bin / uptime 7:49 hasta 107 días, 35 minutos, 0 usuarios, promedio de carga: 0.12 0.03 0.01 workgroupcluster: El comando qsub (1) no puede utilizarse para enviar directamente archivos binarios como trabajos. Aunque uno podría escribir una escritura pequeña del envoltorio alrededor de los binarios para someterlos, hay dos técnicas convenientes para someter binarios como trabajos muy simplemente sin implicar una escritura separada. Escriba el comando qsub, junto con cualquier banderas y opciones deseadas, luego presione return sin especificar un script de trabajo. A continuación, verá un indicador de shell secundario. En este indicador, puede escribir el nombre del binario. A continuación, puede pulsar volver y continuar para introducir más comandos binarios o de shell. Cuando haya terminado de especificar su trabajo, presione Control-D. Qsub - l archsolaris64 sleep 60 ltctrl-Dgt su trabajo 47427 (quotSTDINquot) ha sido enviado Escriba el comando qsub, junto con cualquier banderas y opciones deseadas, luego use la construcción de redireccionamiento STDIN ltlt ltMARKERgt. Escriba una o más líneas que contengan cualquier combinación de binarios y comandos de shell en el indicador secundario como se indica más arriba. A continuación, en una línea por sí mismo, escriba ltMARKERgt y pulse return. Las dos técnicas anteriores se aprovechan del hecho de que qsub utiliza el flujo de STDIN como script de trabajo si no especifica un archivo de script como argumento. Para integrar sin problemas ciertas aplicaciones en su entorno con un clúster de Grid Engine, puede ser necesario escribir un script de contenedor personalizado que realice algún trabajo de configuración antes de ejecutar un trabajo. La segunda técnica de arriba se puede incrustar en estas secuencias de comandos de envoltura. Ejemplo: cree un contenedor para enviar un trabajo de batch binario desde un SunRay a una granja de servidores de fondo. Para ello, es necesario modificar la variable LDPRELOAD para eliminar la entrada específica de SunRay. Un genérico binario envíe la secuencia de comandos del envoltorio quotqbsubquot se puede encontrar en este enlace. Se puede utilizar como una versión quotbinary de qsub. La secuencia de comandos de envoltura permite al remitente utilizar los indicadores de presentación estándar y también cuenta los indicadores especificados en el archivo qtask (que es utilizado por qtcsh cuando se envían transparentemente binarios al sistema). Un ejemplo de uso de este script es: Esto ejecuta el binario netscape mientras mantiene explícitamente la variable de entorno DISPLAY. NOTA: por supuesto, debe asegurarse de que el binario coincide con la arquitectura en la que se ejecutará. Puede especificar esto, por ejemplo, haciendo: Cómo enviar un trabajo mediante qsub qsub es un comando utilizado para su presentación al clúster SGE. En la sección 2.1 Inicio rápido y aspectos básicos, mostramos que puede enviar un trabajo de ejemplo utilizando qsub de la siguiente manera: La sintaxis general de cómo usar qsub se encuentra a continuación. Aquí están algunas de las opciones y sus explicaciones. - q ltqueuegt establece la cola. A menudo se utiliza la cola estándar, por lo que no es necesario configurar esto. - V pasará todas las variables de entorno al trabajo - v varvalue pasará específicamente la variable de entorno 39var39 al comando job - b y allow para que sea un archivo binario en lugar de un script. - verifica las opciones y anula si hay un error - N nombre del trabajo ltjobnamegt. Esto se verá cuando se utiliza qstat. Para comprobar el estado de sus trabajos. - l hvmemsize especifica la cantidad de memoria máxima requerida (por ejemplo, 3G o 3500M) NOTA: Esto es memoria por ranura de procesador Así que si usted pide 2 procesadores memoria total será 2 hvmemvalue) - l hrtlthh: mm: ssgt especificar el máximo (Horas, minutos y segundos) - l srthh: mm: ss especifica el límite de tiempo de funcionamiento suave (horas, minutos y segundos) - Recuerde ajustar tanto srt como hrt. - pe smp ltnslotsgt Especifica el entorno paralelo. Smp ejecuta un trabajo en paralelo utilizando la memoria compartida y nprocessors cantidad de núcleos. - cwd se ejecuta en el directorio de trabajo actual - wd ltdirgt Establece el directorio de trabajo para este trabajo como ltdirgt - o ltoutputlogfilegt nombre del archivo de registro de salida - e lterrorlogfilegt nombre del archivo de registro de errores - m ea Envía un correo electrónico cuando finaliza el trabajo o aborta - P ltprojectNamegt Defina el proyecto de job39s - M ltemailaddressgt Dirección de correo electrónico para enviar correo electrónico a - t ltstartgt-ltendgt: ltincrgt envía una matriz de trabajos con índice de inicio. Detener el índice en incrementos usando Puede ver la lista completa de argumentos y explicaciones aquí. Ahora veamos algunos ejemplos de scripts bash y comandos qsub que envían esos trabajos al clúster. Presentación de un trabajo bowtie Bowtie es un alineador de lectura corta utilizado para alinear lecturas de máquinas de secuenciación de próxima generación. El script incluye las opciones de línea de comandos dentro de él, por lo que no es necesario pasar esas opciones en la línea de comandos. En un script de shell, puede establecer las opciones qsub en las líneas que comienzan con. Esta es una alternativa para pasarlos con el comando qsub. Dado que las opciones que nos interesan están en el script, no es necesario pasarlas con el comando qsub. Las líneas que comienzan con son las opciones qsub descritas anteriormente. Personalizan el trabajo y piden recursos como CPU y memoria. Los archivos de entrada / salida para el comando bowtie se almacenan en infile. Outfile y btindex variables. Luego, pasó al comando bowtie. Esto no es realmente necesario, pero es más fácil leer más tarde sobre lo que está pasando. La ejecución de bowtie comienza con el gzip-dc. Debido a que los archivos fastq están comprimidos primero debemos descomprimirlos y alimentar la salida a bowtie vía pipe. --chunkmbs 300 - el mejor - m 1 - p 6 --phred33 - q son opciones específicas del bowtie. Mírales en el manual de Bowtie. Y, puede ejecutar esto como sigue (suponiendo que este archivo se guarda como 39runBowtie. sh39). Más ejemplos por venir.